All'inizio del primo episodio troviamo Goku che si allena con Ub nel santuario di Dende. Improvvisamente appare Pilaf, di cui non si sapeva più niente, che ha trovato delle nuove sfere del Drago; mentre sta per esprimere il desiderio vede Goku ed inavvertitamente dice che lo preferiva da bambino, così il drago trasforma Goku in un ragazzino.
In seguito si incontrano tutti i personaggi di Dragon Ball: Gohan è un ricercatore, Trunks è il capo della Capsule Corporation, Vegeta ha smesso di combattere, Pan è una quattordicenne. Gli eroi vengono a sapere che c'è stato un problema con le sfere: infatti si sono sparpagliate per tutta la galassia e se non saranno riportate sulla Terra entro un anno il pianeta esploderà. Viene così approntata una navetta spaziale, sulla quale si imbarcano Goku, Trunks e Pan. Il primo pianeta che visitano è Donquia, governato dal crudele Don Kia, che rende difficile il recupero della sfera. Il pianeta successivo è un posto dove tutto è enorme, e la sfera è nelle mani di un gigante, che non dà grandi problemi a Goku.

Nel pianeta successivo la ricerca è più complicata, anche perché la sfera viene rubata da alcuni scagnozzi di un certo Mochi Mochi, che ha il potere di trasformare le persone in bambole. Persino Pan viene trasformata in bambola. In seguito Mochi Mochi, adoratore del dio Ruudo, deve combattere contro Goku, che non avrà vita facile, infatti il suo avversario può manovrare la terra, lanciando varie rocce contro i protagonisti, che riusciranno ad avere ragione di Mochi Mochi solo trasformandosi in super saiyan. Lo scontro non è però ancora finito, infatti Goku e Trunks ora devono vedersela con Ruudo in persona, che si mostra piuttosto forte, questo mostro trae il suo potere dalle persone trasformate in bambole, e in seguito viene usata anche Pan, che potenzia incredibilmente Ruudo.
Si scopre che il gigantesco robot è stato costruito dal dottor Myuu. Alla fine grazie ad una azione coordinata, nella quale Pan dall'interno e Goku dall'esterno colpiscono Ruudo al cuore.

Il mostro è sconfitto e Goku prende la sesta sfera. I tre ragazzi ripartono per lo spazio, arrivando su di un pianeta desertico, nel quale Pan recupera un'altra sfera del Drago. Il pianeta successivo è composto quasi totalmente di metallo, abitato solo da robot, che attaccano Goku e gli altri, così il capo del pianeta, Rirudo, recupera le sfere. Rirudo è d'accordo con il dottor Myuu. In seguito Goku e Pan riescono a liberarsi, e per Goku è piuttosto facile distruggere molti robot, fino a quando non giunge Rirudo, che mostra grande forza combattiva. Il nemico spara un raggio che trasforma Trunks in un blocco di metallo. Intanto prosegue lo scontro tra Goku e il suo avversario, che ha la capacità di fare varie trasformazioni, assorbendo le parti meccaniche intorno a sè, arrivando persino a fondersi con il pianeta, diventando una cosa sola. Goku è ora in grave difficoltà e deve fuggire, ma viene catturato insieme a Pan e trasportati nel laboratorio del dottor Myuu, dove trovano anche Trunks. Il dottore vuole prendere l'energia dei saiyan, ma i ragazzi vengono liberati da Gill.

In seguito Trunks giunge nella stanza più segreta del laboratorio, dove si trova Baby, la nuova, terribile, creatura del dottor Myuu. Trunks cerca di distruggere il robot, ma viene ostacolato da Myuu, che salva la sua creatura. Questa viene però subito sconfitta da un colpo sparato contemporaneamente dai tre saiyan, ma Myuu riesce ugualmente a salvare Baby, che poi si ribella al suo creatore e lo uccide, poi parte verso il cosmo.
I tre eroi cercano allora di allontanarsi dal pianeta, ma Rirudo è ancora vivo e cerca di ostacolare la loro partenza, anche se alla fine i ragazzi riescono a sconfiggere il nemico. Riprende così la ricerca delle sfere, e giungono su di un pianeta dove riappare di nuovo Baby, mostrando il suo potere: può infatti controllare le menti delle persone, ottenendo un grande potere, cerca di assorbire anche Trunks, che riesce però a resistere, una volta trasformato in super saiyan. La ricerca continua nello spazio. Intanto sulla Terra appare una persona, che mostrando una grande forza, dice di voler incontrare un saiyan. Accorre Goten, ma dopo aver facilmente sconfitto l'uomo dal suo corpo esce Baby, che ingaggia un combattimento con Goten, che alla fine viene posto sotto controllo da Baby, che scopre che la persona più forte sulla Terra è Vegeta, quindi si precipita a cercarlo, si reca a casa di Chichi, dove trova Gohan. Goten-Baby attacca il fratello, che per non fargli male viene preso da Baby.

Piccolo si accorge del pericolo, ma è troppo debole per contrastare Baby. In seguito Gohan-Baby trova Vegeta e lo attacca, il combattimento è furioso, arriva anche Goten, che inaspettatamente aiuta il fratello. Vegeta non riesce a contrastare i due fratelli, fino a quando Baby non riesce a intrufolarsi in una delle sue ferite unendosi a lui, in quell'istante Vegeta si ricorda di aver già visto Baby, era stato infatti creato dagli tsufuriani, che abitavano sul pianeta Plant, distrutto dai saiyan. Gli tsuforiani avevano creato Baby e lo avevano mandato nello spazio, e poi era stato raccolto dal dottor Myuu. Finalmente Goku e i suoi due amici ritornano sulla Terra, dopo aver ritrovato tutte le sfere.

Goku e Pan vengono attaccati da Gohan e Goten, mentre Trunks è catturato da Baby. In aiuto di Goku arrivano Bu e Satan, fortunatamente Bu è immune ai poteri di Baby. Goku deve affrontare Vegeta, e cerca di trasformarsi in super saiyan III, ma il suo corpo non riesce a resistere all'energia, e sembra non potere resistere alla potenza di Vegeta-Baby, che con un potentissimo colpo sembra uccidere Goku. Ora Vegeta-Baby domina incontrastato sulla Terra, e con le sfere del Drago ricostruisce Plant. Goku però è ancora vivo, e si trova in uno strano posto, in cui Sugaro lo fa partecipare ad un gioco. Quano il ragazzo si stufa viene raccolto da Kibito(unione di Kaiohshin e Kibith), che lo aveva precedentemente salvato da Vegeta, e lo porta sulla Terra insieme a Sugaro e a suo figlio. Sulla Terra intanto la popolazione viene trasportata su Plant, sul quale si recano anche Pan, Bu e Satan. Pan cerca di guarire i genitori, ma Gohan la attacca e solo l'intervento di Ub la salva. Ub afferma di aver finalmente deciso di attaccare Vegeta-Baby, per vendicare il suo maestro. Goku intanto si sta allenando per poter resistere al super saiyan III, il vecchio Kaiohshin pensa di fargli ricrescere la coda. Nel frattempo lo scontro tra Ub è cominciato, anche se il ragazzo è chiaramente inferiore e viene salvato solo grazie all'intervento di Bu. Ub e Bu si fondono, formando Ultimate Ub, ma viene alla fine sconfitto, proprio mentre Goku arriva su Plant, pronto ad affrontare Vegeta. Nonostante Goku possa ora trasformarsi in super saiyan III Vegeta-Baby è ancora troppo potente, ed atterra Goku, che però casualmente guarda la Terra, che da Plant sembra la Luna, così Goku, che ora ha la coda, si trasforma in scimmione, che ha tutto il pelo dorato a causa dello stato di super saiyan. In questo stato Goku non riesce, come al solito, a controllarsi, Pan cerca di fermare il nonno, ma Goku non la riconosce e la colpisce, ma vedendola piangere Goku rinsavisce e ritorna allo stato umano, ma è ora trasformato in super saiyan IV, caratterizzato dai capelli rossi, un'aria veramente aggressiva e degli occhi indemoniati.

Il suo potere è incredibile, e Vegeta non riesce a fare niente contro di Goku, che è molto superiore al rivale, neppure il colpo più forte di Vegeta-Baby, il Revenge Death Ball, sortisce qualche effetto. Vegeta viene però salvato da Bulma, che grazie a delle speciali lenti, che concentrano la luce sul marito, trasforma il marito in scimmione. Vegeta distrugge Plant, sterminando i terrestri che incontra. Goku allora gli scaglia una Kamehameha di incredibile potenza, ma Vegeta riesce a sopravvivere e lancia un potentissimo colpo verso la Terra, salvata solo dall'intervento di Goku, che protegge con il suo corpo il pianeta.
Goku è a Terra incosciente e anche Vegeta crolla. Poi i due si riprendono, ma Goku è più stanco del suo avversario e viene ripetutamente colpito e viene salvato grazie all'intervento di Pan. Fortunatamente ora Gohan, Goten e Trunks sono stati liberati dal controllo di Baby da Kibito; Goku chiede ai tre saiyan di donargli la loro energia per sconfiggere il mostro, che intanto è occupato perché viene attaccato dall'interno da Ub, che si era fatto assorbire volontariamente, ma viene in seguito sputato via da Vegeta-Baby.

Ub è molto ferito, ma riesce a unirsi a Bu, ottenendo un inaspettato potere. Lo scontro continua e Vegeta è ormai in difficoltà, lancia un potentissimo colpo contro Goku, che riesce però a limitare i danni e a lanciare una potentissima Kamehameha contro l'avversario, che cade stremato. Pan vorrebbe uccidere il mostro ma Goku rifiuta e decide di tagliare a Vegeta la code, che nello scontro era ricresciuta. Baby decide di uscire dal corpo del saiyan e cerca di fuggire nello spazio su di una navicella, ma Goku la distrugge e Baby sembra finalmente sconfitto. Nonostante la vittoria la Terra sta per esplodere e Satan trova molta difficoltà a convincere i terrestri, ma poi si convincono. In un episodio appaiono tutti i personaggi finora apparsi in Dragon Ball. Alla fine tutti i terrestri si trasferiscono tranne Piccolo, che preferisce rimanere sulla Terra, a cui è molto legato. Anche quando la Terra sarà ripristinata con le sfere del Drago Piccolo non verrà più resuscitato.
Dopo la vittoria contro Baby assistiamo ad un torneo Tenkaichi, nel quale Goku è costretto a combattere nel torneo dei bambini. Nel torneo degli adulti, al quale non prendono parte i saiyan, ma solo Pan, Satan annuncia che il vincitore sarà il suo successore alla guida della città. Pan decide di ritirarsi. Persino Goku viene battuto mentre è distratto. Alla finale giunge il misterioso PapayaMan e Satan. Si scopre che PapayaMan è in realtà Ub, che sta per battere con facilità Satan, ma Bu gli chiede di lasciar vincere Mr. Satan, l'eroe di tutti i terrestri, così Satan rimane a capo della città.

Intanto all'inferno si incontrano il dottor Gelo e il dottor Myuu, che medita vendetta. In seguito Trunks viene ferito, e riesce a mormorare ai suoi amici solo "numero 17". I due dottori hanno infatti creato una copia di 17, la presenza dei due cyborg crea un varco tra la Terra e l'inferno, così che arrivano sulla Terra tutti i nemici sconfitti in molti anni. Per chiudere il varco Goku deve uccidere 17 dell'inferno, appena Goku entra negli inferi il varco si chiude e Goku si trova davanti a Freezer e Cell, molto più potenti di un tempo; Goku è molto più forte di loro, ma essendo già morti non possono essere sconfitti tanto facilmente.
Sulla Terra Vegeta sconfigge Nappa e poi affronta 17, che è più debole del saiyan, così i due numero 17 decidono di unirsi, creando super 17, nemmeno tutti i saiyan insieme riescono a tenergli testa.

Intanto Piccolo, che si trova in Paradiso, vede tutto e decide di andare ad aiutare Goku all'inferno. Lo scontro sulla Terra continua, durissimo, fino a quando Piccolo non riesce a creare un nuovo varco, che permette a Goku di uscire. Per affrontare il nuovo nemico Goku deve trasformarsi in super saiyan IV, la potenza del saiyan ora è molto superiore, ma 17 può assorbire la potenza dei colpi di Goku, e riesce ad atterrare varie volte Goku, che sfiora anche la morte. 17 decide di usare un colpo potentissimo, il Dengeki Jikoku Dama, una sorta di buco nero, ma Goku riesce a teletrasportarsi alle spalle di 17, colpendolo con grande potenza, ma il cyborg riesce a creare una barriera e resiste. Arriva allora 18, dopo che Crilin era stato ucciso da 17, ed affronta 17, che non riesce a reagire, invece 18 non si fa scrupoli ed attacca 17, sparando colpi d'energia molto potenti, Goku riesce a nascondersi in uno di questi colpi, riuscendo a trapassare il cyborg.
Finalmente 17 è sconfitto.
Per risistemare le cose viene evocato il drago Shen Long, che appare però molto diverso dal solito, è infatti nero. Il drago si divide in sette draghi che si dividono sulla Terra. Kibito e il vecchio Kaiohshin spiegano cosa è accaduto: avere usato troppo le sfere del Drago ha causato l'accumulo di energia negativa, che ora si è trasformata in questi draghi; già una volta era successa la stessa cosa, e la galassia era quasi stata distrutta. Goku si assume il compito di sconfiggere i draghi e di recuperare le sfere. Si recano sul luogo della sfera più vicina Goku con la nipotina Pan. Il primo drago è quello marino, creato dalla sfera con due stelle, si chiama Ryan Shen Long, ed è stato creato dall'energia usata per resuscitare Bora, il padre di Upa. Ryan ha trasformato un lago in una palude, da cui trae forza, invece i saiyan vengono ostacolati dalla palude, tanto che Goku ha difficoltà a trasformarsi in super saiyan. Goku capisce però il punto debole del drago e lo colpisce con dell'acqua pura, uccidendolo. Il drago successivo è Uu Shen Long, creato con il desiderio di portare in vita Goku prima dello scontro con Vegeta e Nappa. Uu trae energia dall'elettricità, neppure Goku trasformato in super saiyan IV riesce a sconfiggerlo, Uu inizia a fulminare i due saiyan, ma fortunatamente comincia a piovere e Uu va in corto circuito; Goku può così recuperare la sfera dalle cinque stelle. Goku e Pan si recano poi in un villaggio di pescatori, dove trovano un altro drago, un essere di aspetto femminile creato dal desiderio di Olong di avere le mutandine da donna. Si chiama Ryuu Shen Long e può creare dei vortici, ma in poco tempo Goku riesce a sconfiggerla, recuperando la sesta sfera. Dopo aver sconfitto Ryuu i due eroi si imbattono in una gigantesca talpa con una sfera del Drago, questo mostro è Chii Shen Long, ed ha la capacità di creare forti terremoti. Goku sembra sconfiggere facilmente il talpone, ma Pan viene assorbita da lui, mostrando il vero Chii.

Il desiderio che lo ha creato è stato quello di resuscitare le persone uccise da Vegeta posseduto da Babidy.
Il drago ha ora i poteri di Pan, ma Goku trasformato in super saiyan IV riesce a mettere a dura prova il drago; Goku colpisce con una fortissima Kamehameha Chii, rischiando di uccidere Pan, che però riesce a liberarsi. Il drago viene così sconfitto e la settima sfera viene recuperata. Goku e Pan si recano poi in un deserto, dove si trova Suu Shen Long, creato dal desiderio del Grande Mago Piccolo di tornare giovane.
Pan è subito sconfitta dal drago, e anche Goku è in difficoltà perchè Suu può raggiungere la temperatura del sole, Goku deve così fuggire davanti al nemico, che ha anche la capacità di operare una trasformazione che lo rende più potente. Nel frattempo Vegeta decide di andarea combattere insieme a Goku, e Bulma prepara il sistema di lenti capaci di farlo diventare super saiyan IV. Intanto lo scontro tra Goku e Suu continua, ora Goku sembra avere la meglio, ma quando poteva dare il colpo di grazia al drago rinuncia, dato che questo aveva risparmiato Pan, ma durante il combattimento interviene un altro drago, San Shen Long, capace di ghiacciare gli oggetti e le persone. Goku viene imprigionato nel ghiaccio, ma riesce a liberarsi e lancia una Kamehameha contro San, che, sconfitto, chiede pietà, ma al primo sttimo di distrazione di Goku lo colpisce a tradimento, ma Goku resiste e usa il Ryuu Ken(colpo del dragone dorato), uccidendo Ryuu.

Ora Suu vorrebbe terminare lo scontro, ma giunge un altro drago. Li Shen Long, creato dal desiderio di riportare la Terra alla normalità dopo lo scontro con Majin Bu. Li lancia un colpo a Goku, ma Suu si mette in mezzo e viene ucciso, liberando la sfera numero quattro. Goku è ora molto affaticata e non riesce a reagire a Li, e sta ormai per morire, ma intervengono Gohan, Goten, Trunks, Ub e persino Mr. Satan. I saiyan decidono donare la loro energia a Goku, mentre Ub tiene occupato il drago. Grazie alla grande energia donatagli Goku si trasforma in un scimmione gigantesco, che mostra di essere molto più forte di Li; quando ormai questo sembra spacciato Li si avvicina alle sfere del Drago, fondendosi con esse, ora Li ha tutte le sette sfere incastonate nella fronte.
Purtroppo Goku non riesce a mantenere lo stato di scimmione, e le cose si mettono male, ma finalmente arriva sul campo di battaglia Vegeta, che si trasforma in super saiyan IV, mostrando una grande forza, non sufficiente però a battere Li. L'unica possibilità è la fusion, così viene creato l'incredibile super Gogeta. Le forze sono praticamente equivalenti, però Gogeta sa usare delle tecniche potentissime, come la Minus Energy Power Ball, ma soprattutto la Big Bang Kamehameha, che fa cadere sei sfere a Li, a cui rimane solo la prima.
Inaspettatamente la fusion si scioglie e i due saiyan sono ora in pericolo. Goku ingoia una sfera del Drago, per impedire a Li di farlo. Cercano di fondersi di nuovo, ma sbagliano il balletto della fusion, pregiudicando il risultato finale. In seguito la sfera ingoiata da Goku fuoriesce dalla fronte di Goku, trasformandosi in Suu, che prima obbedisce a Li, colpendo Vegeta, ma poi si ribella e colpisce Li, perchè Goku con la sua energia positiva ha purificato il drago del fuoco. Suu viene però sconfitto da Li, che riprende il controllo delle sfere del Drago. Tutto sembra perduto, Li sta per lanciare una gigantesca sfera contro la Terra, ma Goku riesce a bloccarla, scomparendo. Tutti i saiyan si lanciano contro il drago, mentre Goku, ancora vivo, prepara la sfera Genkidama, per renderla più potente Goku chiede che tutti gli abitanti della galassia donino la loro energia, la sfera così creata è veramente potentissima, quando Goku la lancia contro Li finalmente riesce a sconfiggerlo, le sfere tornano alla normalità ed appare il drago Shen Long, resuscita le persone morte nei recenti scontri. Goku e il drago volano via, e durante il volo vedono Yamcha, Pual, Tenshinhan, Jiaozi, Crilin, Muten. Va a trovare persino Piccolo. Poi Goku si fonde con le sette sfere del Drago, e la numero quattro gli si incastona sulla fronte.

Sono passati 100 anni dalla scomparsa di Goku, sta per iniziare un torneo Tenkaichi, dove si vedono le statue di Goku e di Satan. I due combattenti sono Goku junior e Vegeta junior. Pan, che era tra il pubblico, intravede Goku, che osserva il combattimento. Mentre i due ragazzi si trasformano in super saiyan Pan corre verso l'eroe, ma questo si perde nella folla